公司自2002成立之初便设立科研管理部，下设2个育种研究中心、1个生物技术中心、4个综合试验站。共有正式编制科研人员28名，其中博士1名，硕士8名，本科11名。

      德农种业经过10多年的不懈努力，截止2016年7月共审（认）定玉米品种51个，其中国审品种10个、省审品种42个，其他经济类作物的审定数量分别是向日葵国审品种12个、省审品种19个；饲用作物国审品种4个、省审品种2个；棉花国审品种5个；小麦国审品种1个、省审品种1个；水稻省审品种6个。2016年参加国家和省试验的玉米品种数量达90余个（含国家绿色通道参试品种），其中晋级区域试验及生产试验的品种37个，涵盖了玉米所有生态类型区。2016年各育种中心及试验站共承担国家、省级试验19项，其中国家玉米试验7项、向日葵试验2项、饲用高粱试验1项，省级玉米试验12项、向日葵试验2项、饲用玉米试验1项。

      为了加强公司的研发能力，公司形成了流水线式的商业化育种体系，即在育种流程上把育种过程分解成种质资源创新、自交系选育、杂交组合选配、杂交组合筛选和测试等几个关键环节，通过矩阵式的管理方式，避免了育种工作的盲目性和育种站之间工作的重复性；调动了科研人员的积极性，加速了新品种的选育进程。

      公司体系内玉米测试平台，将精确鉴定筛选出适宜9大生态类型区（同于国家玉米品种审定试验生态区）高产、稳产、多抗、优质的普通玉米、青贮玉米及甜、糯玉米新品种，为公司玉米新品种的科学评价、开发、推广提供数据支持。

     为了发挥生物技术辅助育种对育种工作的推动作用，德农种业在通州区国际种业园建立了500平方米的生物技术试验室，其中包括双单倍体育种实验室、分子标记辅助育种实验室、转基因育种实验室及植物病理实验室，实现了常规育种和生物技术辅助育种的有机结合。2015年应用SNP芯片技术对所有材料进行分析，寻找表型连锁位点，为后续自交系改良、新品种选育提供辅助支持。

     为了提升了公司的科研竞争力、缩小与国际公司的差距，在应用基础性研究、品种研发和种质资源引进等方面同国内外科研单位和企业采取多方位的合作。

     公司在新品种选育、测试平台建设、分子辅助育种等方面得到了农业部、科技部、财政部、北京市科委等国家多职能部门的项目资金支持。